Die Basis bilden der Freie Schulträgerverein e.V. und die Fördervereine an den einzelnen Standorten. Die Schkola gGmbH führt die Geschäfte, bildet sozusagen das „Dach“ der Organisation.

Geschäftsführerin Ute Wunderlich und der kaufmännische Leiter Christian Zimmer leiten zusammen alle Schkola–Schulen. Die einzelnen Einrichtungen werden vor Ort durch die Teamführer verantwortet. Die Vernetzung der einzelnen Einrichtungen und das einheitliche pädagogische Konzept soll so zum Tragen kommen.